Si al actualizar a WP 2.1 os muestra un error de SQL al mostrar categorías y links podeis probar a ejecutar estas líneas en vuestro PHPMyAdmin:

ALTER TABLE --database--.wp_categories ADD COLUMN link_count BIGINT(20) NOT NULL DEFAULT 0 AFTER category_count,
ADD COLUMN posts_private TINYINT(1) NOT NULL DEFAULT 0 AFTER link_count,
ADD COLUMN links_private TINYINT(1) NOT NULL DEFAULT 0 AFTER posts_private;

Donde –database– es el nombre de la DB en la que está instalado. A mí me ha funcionado, aunque en teoría este fix es solo para la 2.1 RC1, podeis leer un poco más sobre esto en las páginas de soporte para Wordpress.

El error en concreto es este de aquí, lo pongo por si alguien llega desde aquí usando Google:

WordPress database error: [Unknown column 'link_count' in 'where clause']
SELECT cat_ID FROM wp_categories WHERE category_parent = 0 AND ( link_count = 0 OR category_count != 0 OR ( link_count = 0 AND category_count = 0 ) ) ORDER BY category_count DESC