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Vamos a realizar una instalación de PHP 5 olvidandonos de RPMs, de yum y de todo lo demás, utilizando únicamente WHM, lo más fácil y rápido.
Tambien nos vamos a olvidar de hacer una instalación en la que convivan PHP4 y PHP5, ya que es una tontería, porque la mayoría de los scripts programados en PHP4 funcionan correctamente en PHP5.
Lo primero es actualizar WHM/Cpanel y todos los scripts: # /scripts/upcp
Tras esto necesitamos es tener la versión 4.1 o mayor de MySQL, por lo que vamos a comprobarlo y a instalarla en caso de que sea necesario.
La comprobación la podeis hacer desde el propio phpMyAdmin, en el que aparece la versión del mySQL client instalado:

Mi MySQL ya está actualizado ;)
Si hay que actualizar vamos al WHM y en la sección Server Configuration seleccionamos la opción Tweak Settings. Dentro de la sección correspondiente a MySQL seleccionamos la opción 4.1 y dejamos sin marcar la opción Use old style (4.0) passwords with mySQL 4.1+. Bajamos al final de la página y hacemos click en Save. Esperamos hasta que termine de cargar la página y ya está, todo listo.
Si todo ha ido bien al volver a hacer la comprobación del segundo paso o con el comando # mysql -V obtendremos un 4.1.x, así que continuamos instalando PHP5.
Ahora tenemos que ir a la sección Software y de ahí a Apache Update. Desmarcamos la opción 4.1 y marcamos una de las 5.x a gusto del consumidor. Yo tengo la 5.1.4 y va de perlas.
Una vez hecha la selección bajamos hasta abajo para pulsar Start Build y en unos minutos (dependiendo de la máquina serán más o menos) estará todo listo. No habrá que tocar configuraciones ni cambiar nada, ya que adopta la configuración de la anterior instalación.
Para comprobar la versión de PHP el modo más fácil es crear un archivo que contenga lo siguiente:
<?php phpinfo(); ?>
Y guardarlo con el nombre de phpinfo.php. Basta con abrirlo desde el navegador para que nos de toda la info sobre la versión de PHP instalada en el servidor.

Si os queda algo así es que hemos terminado ;)
Por cierto, recomiendo cerrar todas las webs hospedadas en el dominio, bien vía .htaccess, bien suspendiendo temporalmente las cuentas o cerrando el servicio apache/2, ya que mientras estamos instalando la nueva versión de PHP el interprete no funcionará y al visitar alguna página nos escupirá el código PHP